Vereinsstruktur
Die Vereinsstruktur des Karlsruher SC gliedert sich in die Organe Mitgliederversammlung, Wahlausschuss, Präsidium, Vereinsrat, Verwaltungsrat und Ehrenrat.
Die Mitgliederversammlung ist das höchste Gremium und wählt die Mitglieder der weiteren Organe des Vereins. Daneben bestimmt sie zwei vom Wahlausschuss vorgeschlagene Revisoren, die mehrmals im Geschäftsjahr die Buchführung einer Prüfung unterziehen.
Der Vereinsrat, welcher sich aus dem Präsidium, den Leitern der sportlichen Abteilungen, sowie von der Mitgliederversammlung gewählten Mitgliedern zusammensetzt, bestimmt unter anderem über die Neugründung bzw. die Auflösung der Abteilungen.

Präsidium und Geschäftsführung
Das Präsidium des Karlsruher SC setzt sich aus einem Präsidenten und zwei Vizepräsidenten zusammen. Es vertritt den Verein als ausführendes Organ und ist an erster Stelle mit der ordnungsgemäßen Vereinsführung betraut. Die Geschäftsstelle mit dem Management an der Spitze ist dem Präsidium unterstellt und bündelt das für die Führung der Geschäfte notwendige kaufmännische und technische Personal. Das Präsidium wird, ebenso wie die anderen Vereinsorgane, von der Mitgliederversammlung gewählt. Die Amtsdauer beträgt drei Jahre – es ist eine zweimalige Wiederwahl zulässig.
Aktueller Präsident des Vereins ist der Unternehmer Hubert H. Raase, der auf einer Mitgliederversammlung am 27. November 2002 mit 293 zu 25 Stimmen gewählt wurde. Vizepräsidenten sind Michael Steidl (seit 4. Juni 2001) und Rainer Schütterle (seit 30. September 2003). Manager des Karlsruher SC ist Rolf Dohmen, der wie Schütterle bereits in früheren Jahren als Spieler für den Verein aktiv war.
Verwaltungsrat
Der Verwaltungsrat hat für das Vereinspräsidium eine beratende Funktion in wirtschaftlichen und rechtlichen Angelegenheiten und dient in diesem Kontext gleichzeitig als Überwachungsorgan. Der Verwaltungsrat genehmigt unter anderem die Geschäftsordnung, den Haushaltsplan sowie den Finanzplan zur Beurteilung der Wirtschaftlichkeit des Vereins durch die DFL. Des Weiteren benötigt das Präsidium für die Durchführung finanzintensiver Geschäfte die Zustimmung des Verwaltungsrates – ausgenommen hiervon sind allerdings die Spieler- und Trainerverträge der ersten Fußballmannschaft.
Die sieben Mitglieder des Verwaltungsrates arbeiten ehrenamtlich, dürfen nicht gleichzeitig Mitglied des Präsidiums sein, und werden von der Mitgliederversammlung für eine Dauer von drei Jahren gewählt. Vorsitzender des Verwaltungsrates ist Peter Mayer.